Comparison of DNA extraction using proteinase K and extraction kit: analysis of the quality of the genetic material

André Luís F. Santos; Carolina Q. P. Oliveira; Geovana Nicole P. N. Arruda; John Kenned Martins
J. Bras. Patol. Med. Lab. 2018;54(2):70-75
DOI:10.5935/1676-2444.20180013

RESUMO

INTRODUÇÃO: O ácido desoxirribonucleico (DNA) é a matéria-prima para os estudos genéticos, por isso são desenvolvidas técnicas laboratoriais para sua obtenção, com concentração e integridades adequadas.
OBJETIVO: Comparar dois métodos de extração de DNA em relação à concentração e à integridade da amostra.
MÉTODOS: O DNA foi extraído da extremidade das caudas (2 mm de comprimento) de camundongos, as quais foram estocadas a -20ªC. Utilizou-se a metodologia de extração com proteinase K (MPK) e o kit Kappa Express Extract®. As concentrações e as relações 260/280 e 260/230 foram determinadas por espectrofotometria. A integridade do DNA foi verificada em gel de agarose a 2%, com brometo de etídeo. Para o teste final das amostras extraídas, realizou-se reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex, com primers para o gene Large.
RESULTADOS: As amostras extraídas pela MPK apresentaram concentração média de 59,4 ± 18,5 ng/µl (260/280 = 1,74 ± 0,04 e 260/230 + 1,85 ± 0,14) e as extraídas pelo kit comercial, concentração média de 178,8 ± 42 ng/µl (260/280 = 1,09 ± 0,04 e 260/230 = 0,62 ± 0,66). A PCR amplificou o gene Large no DNA extraído, independente da metodologia utilizada.
CONCLUSÃO: As metodologias estudadas podem ser utilizadas, sendo a MPK uma metodologia barata, porém demorada, enquanto o kit comercial é mais oneroso, contudo a extração do DNA é célere.

Palavras-chave: DNA; camundongos; técnicas de genotipagem.

ABSTRACT

INTRODUCTION: Deoxyribonucleic acid (DNA) is the raw material for genetic studies, and therefore laboratory techniques are developed to obtain it with appropriate concentration and integrity.
OBJECTIVE: To compare two methods of DNA extraction regarding sample concentration and integrity.
METHODS: DNA was extracted from the tail end (2 mm long) of mice, stored at -20ªC. The proteinase K method (PKM) and the Kappa Express Extract® kit were used for extraction. The concentrations and ratios 260/280 and 260/230 were determined by spectrophotometry. DNA integrity was checked on 2% agarose gel with ethidium bromide. For the final test of the extracted samples, a multiplex polymerase chain reaction (PCR) was performed, with primers for the Large gene.
RESULTS: Samples extracted by the PKM presented mean concentration value of 59.4 ± 18.5 ng/µl (260/280 = 1.74 ± 0.04 and 260/230 + 1.85 ± 0.14) and the samples extracted by the commercial kit presented mean concentration value of 178.8 ± 42.0 ng/µl (260/280 = 1.09 ± 0.04 and 260/230 = 0.62 ± 0.66). PCR amplified the Large gene in the DNA extracted, regardless of the methodology used.
CONCLUSION: Both methodologies studied can be used, and the PKM is cheap but a time-consuming method, while the commercial kit is more expensive, however DNA extraction is faster.

Keywords: DNA; mice; genotyping techniques.