The use of real time PCR for arboviruses diagnostics: integrative review

Christiane O. L. Licínio; Flávio M. Ayres
J. Bras. Patol. Med. Lab. 2021;57(1):1-9
DOI: 10.5935/1676-2444.20210048

ABSTRACT

Arboviruses are viral diseases transmitted by arthropods (arthropod-borne virus). Standing out dengue, zika virus, and chikungunya among the emergent and re-emergent arboviruses in recent years around the world. The similarity between the symptoms makes the clinical diagnosis ineffective, making difficult the prophylactic and preventive measures of new outbreaks. Molecular diagnosis using the real-time polymerase chain reaction (PCR) technique is one of the ways to diagnose such diseases. In this study, the literature on the diagnosis of arboviruses was compiled and evaluated. The objective was to answer the guiding question: Is the real-time PCR methodology effective in the diagnosis of arboviruses? Scientific articles of free access were searched in the databases Pubmed (50 articles) and Scielo (107 articles), between 2014 and 2019. The selection was done through the inclusion and exclusion criteria, only 20 articles remained. Among them, 85% cross-sectional studies, 10% systematic reviews, and 5% case studies. The period of publications was 50% in 2017, 35% in 2016, and 5% in 2014, 2015 e 2019, each. Regarding the viruses treated in the articles, 25% researched dengue and the same percentage for chikungunya, 20% researched about zika virus. The efficacy of the molecular diagnosis was published in 21% of the articles (sensitivity and specificity), 53% highlighted the limit of detection, 70% highlighted the absence of cross-reactions, and 80% highlighted the differentiation between viruses.

Keywords: molecular probes techniques; dengue virus; zika virus; chikungunya virus.

RESUMEN

Las arbovirosis son enfermedades virales transmitidas por artrópodos (arthropod-borne virus). Dengue, zica y chikungunya se destacan entre los arbovirus emergentes y reemergentes en los últimos años en todo el mundo. La similitud de los síntomas de estas infecciones hace que el diagnóstico clínico sea ineficaz, dificultando las medidas profilácticas y preventivas para nuevos brotes. El diagnóstico molecular mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real es una de las formas de diagnosticar esas enfermedades. En este estudio se recopiló y evaluó la literatura sobre el diagnóstico de arbovirosis. Nuestro objetivo era responder a una pregunta orientadora: ¿la metodología de PCR en tiempo real es eficaz para diagnosticar arbovirosis? Se buscaron artículos científicos de acceso abierto en las bases de datos Pubmed (50 artículos) y Scielo (107 artículos), entre 2014 y 2019. La selección se realizó utilizando los criterios de inclusión y exclusión, quedando solo 20 artículos. Entre estos, el 85% fueron estudios transversales, el 10% fueron revisiones sistemáticas y el 5% fueron estudios de casos. El período de publicaciones fue del 50% en 2017; 35% en 2016; y 5% en 2014, 2015 y 2019, cada. En cuanto a los virus tratados en los artículos, el 25% de los estudios investigaron sobre el dengue; el 25% el chikungunya y el 20% el virus del Zica. La efectividad del diagnóstico molecular se publicó en el 21% de los artículos (sensibilidad y especificidad); el 53% destacó el límite de detección; 70%, ausencia de reacciones cruzadas; y el 80%, la diferenciación entre virus.

Palabras-clave: técnicas de diagnóstico molecular; vírus del dengue; vírus del zika; vírus del chikungunya.

RESUMO

As arboviroses são doenças virais transmitidas por artrópodes (arthropod-borne virus). Destacam-se dengue, vírus da zica e chikungunya entre as arboviroses emergentes e reemergentes nos últimos anos em todo o mundo. A semelhança dos sintomas dessas infecções faz com que o diagnóstico clínico seja ineficaz, dificultando medidas profiláticas e preventivas para novos surtos. O diagnóstico molecular por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real é uma das formas de diagnosticar tais doenças. Neste estudo, foi compilada e avaliada a literatura sobre o diagnóstico das arboviroses. Nosso objetivo foi responder a uma pergunta norteadora: a metodologia PCR em tempo real é eficaz no diagnóstico das arboviroses? Foram pesquisados artigos científicos de livre acesso nos bancos de dados Pubmed (50 artigos) e Scielo (107 artigos), entre 2014 e 2019. A seleção foi realizada por meio dos critérios de inclusão e exclusão, restando apenas 20 artigos. Entre estes, 85% eram estudos transversais, 10%, revisões sistemáticas e 5%, estudos de caso. O período das publicações foi de 50% em 2017; 35% em 2016; e 5% em 2014, 2015 e 2019, cada. A respeito dos vírus tratados nos artigos, 25% dos estudos pesquisaram sobre dengue; 25%, sobre chikungunya e 20%, sobre o vírus da zica. A eficácia do diagnóstico molecular foi publicada em 21% dos artigos (sensibilidade e especificidade); 53% destacaram o limite de detecção; 70%, a ausência de reações cruzadas; e 80%, a diferenciação entre os vírus.

Palavras-chave: técnicas de diagnóstico molecular; vírus da dengue; vírus da zica; vírus da chikungunya.