Molecular biology techniques for loss of heterozygosity detection: the glioma example

Tiago D. P. Ramos; Lidia M. F. Amorim
J. Bras. Patol. Med. Lab. 2015;51(3):189-196
DOI:10.5935/1676-2444.20150033

ABSTRACT

In recent years, many oncology institutions have implemented the use of molecular approaches to assess and manage cancer patients. One commonly observed type of genetic alteration in cancer is the loss of heterozygosity (LOH). In the clinical setting, this molecular genetic marker is an important tool for disease prognosis, diagnosis and treatment. For example, the loss of 1p/19q is a classical molecular marker for oligodendroglioma assessment. In addition, this marker is associated with a favorable prognosis and chemosensitivity in oligodendroglial tumors. Interpretation of the clinical significance of molecular markers requires that health professionals and biomedical scientists understand the basic theoretical fundamentals of molecular diagnostic techniques. Although there are different methodologies to assess LOH, including high-performance techniques, this review aims to describe the polymerase chain reaction (PCR)-based LOH assays and fluorescence in situ hybridization (FISH), which are the molecular techniques most used for evaluation of 1p/19q status in pathology laboratories.

Keywords: oligodendroglioma; polymerase chain reaction; fluorescence in situ hybridization; loss of heterozygosity.

RESUMO

Nos últimos anos, instituições de oncologia têm implementado o uso de abordagens moleculares para avaliar e conduzir pacientes com câncer. O tipo mais comum de alteração encontrada no câncer é a perda de heterozigosidade (LOH). Na clínica, esse marcador molecular pode ter importância para o prognóstico, o diagnóstico e/ou na decisão do tratamento. Por exemplo, a perda de 1p/19q é um marcador molecular clássico para a avaliação do oligodendroglioma. Além disso, esse marcador está associado ao prognóstico favorável e à quimiossensibilidade em tumores oligodendrogliais. A interpretação do significado clínico dos marcadores moleculares exige que os profissionais da área da saúde entendam os fundamentos básicos teóricos das técnicas de diagnóstico molecular. Embora existam diferentes metodologias para avaliar a LOH, inclusive técnicas de alta performance, esta revisão tem o objetivo de descrever o ensaio de LOH com base na reação da cadeia da polimerase (PCR) e a hibridização in situ fluorescente (FISH), que são as técnicas moleculares mais usadas para avaliação do status 1p/19q em laboratórios de patologia.

Palavras-chave: oligodendroglioma; reação em cadeia da polimerase; hibridização in situ fluorescente; perda de heterozigosidade.